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COVID19 – Les mutations

in Sciences

Comme tous les virus, le SARS-CoV-2 connait des mutations régulières. Il devient ainsi plus ou moins virulent et plus ou moins contagieux. Les scientifiques ont identifié de nombreuses mutations principales (fin 2021, on dénombrait déjà 1500 formes différentes du même virus mais on s’intéressera aux principales mutations – pour des données scientifiques complète sur les variants, voir des sites comme celui de l’IHU). 

Une des mutations rencontrées était la D614G. Ses caractéristiques lui permettaient d’être plus contagieuse sans être plus grave. Elle semblait être à l’origine de la 2e vague de la pandémie qui a frappé notamment l’Europe depuis le début de l’automne, bien qu’en réalité, plusieurs souches peuvent toucher un pays simultanément.

Mi-décembre 2020, l’annonce, par le ministre britannique de la santé, de l’abondance d’un variant dans le sud de l’Angleterre relançait les spéculations sur la possible apparition de souches plus virulentes et réfractaires à la vaccination. Quelques jours plus tard, une autre souche fut identifiée en Afrique du Sud, puis une autre en provenance du Japon.

Le 29 janvier 2021, Didier Raoult annonçait avoir découvert un variant majeur « marseillais ».

Le 16 mars 2021, on soupçonnait l’émergence d’un variant breton qui ne serait pas détectable aux tests PCR.

Quant au variant brésilien, la mutation fut découverte en décembre 2020 à Manaus. Elle serait de 1,4 à 2,2 fois plus transmissible que le virus d’origine.

On apprenait le 22 mai 2021 qu’à Bordeaux, un variant « très rare » fut détecté.

Mi-avril 2021, les scientifiques nous faisaient part de leurs inquiétudes, notamment à propos du B.1.617, le variant indien (aujourd’hui rebaptisé variant Delta). Découvert en octobre 2020 dans le centre de l’Inde, ce variant du coronavirus résulte de quinze mutations d’acides aminés et s’est déjà répandu sur tous les continents. C’est celui-qui inquiète le plus actuellement au niveau de la propagation. À ce stade, trois sous-types ont déjà été identifiés : trois lignées appelées B.1.617.1, B.1.617.2 et B.1.617.3. Selon Olivier Schwartz, directeur de l’unité de recherche virus et immunité au sein de l’Institut Pasteur, le variant B.1.617.2 9 contient neuf mutations de la protéine Spike qui modifient, pour certaines d’entre elles, la liaison du virus à son récepteur, et pour d’autres la fixation des anticorps.

On a commencé à évoquer aussi le variant Epsilon au mois de juin 2021.

Les scientifiques se déclaraient inquiets car certaines mutations pourraient réduire de 40% « l’efficacité des vaccins » (efficacité qui reste évidemment à démontrer car rappelons que le délai avant autorisation de mise sur le marché a été particulièrement raccourci et que nous ne disposons surtout des chiffres du « marketing scientifique » avancés par les labos eux-mêmes).

Des études plus récentes, financées par les labos, nous ont cependant rassuré sur ce sujet. En revanche, l’expérience montre que les régions / pays vaccinées massivement voient réapparaitre les contaminations… Le Conseil Scientifique Américain reconnait lui-même une forte hausse d’hospitalisation chez les vaccinés dans une interview accordée à la chaîne NBC News le 18 novembre 2021.

A propos des variants, le directeur de recherche du CNRS pensait déjà il y a quelques mois que la quarantaine pour les voyageurs n’empêchera pas l’arrivée des variants brésilien et sud-africain en France. D’après lui, les patients guéris de la souche classique du virus sont peu ou pas immunisés contre les variants et les risques d’évolution virale sont élevés :  « Ces variants semblent échapper à l’immunité naturelle et à l’immunité de certains vaccins ».

Un article en date du 03 février 2021, paru dans la revue Science, suggère que ce sont des suppressions récurrentes de séquences génétiques spécifiques sur la glycoprotéine Spike du SARS-CoV-2 qui permettraient aux nouveaux variants d’échapper à nos défenses immunitaires. En effet, lorsqu’un anticorps reconnait un pathogène, il ne le perçoit pas en entier. Il garde en mémoire ce que l’on nomme un antigène (une partie protéique bien spécifique du pathogène en question).

Ces mutations rapides sont pour le moins étonnantes et non congruentes avec ce que nous savions des coronavirus. Cette famille de pathogènes, contrairement à la majorité des virus à ARN, possède une polymérase de relecture — une enzyme qui permet d’éviter certaines erreurs de réplication lorsque le virus se multiplie à l’intérieur de nos cellules — qui tempère ce type de mutation extrêmement rapide. Pourtant, c’est bien ce que nous observons chez les variants séquencés et répertoriés à ce jour : la modification d’un site spécifique de la protéine Spike semble avoir pris la place de la séquence du virus initial.

De nombreuses recherches sont en cours sur cette étonnante protéine Spike. Là encore, on peut lire de nombreuses informations contradictoires sur le sujet, pas toujours vérifiées.

Début juin 2021, les chercheurs du groupe du Pr Bridle auraient découvert que la protéine Spike du vaccin est une toxine qui crée des dommages cardio-vasculaires (pour rappel, le coronavirus a une protéine Spike qui permet d’entrer dans le corps). Le professeur Bridle déclarait que la protéine de pointe était elle-même toxique et dangereuse pour l’homme.

Le 6 aout 2021, on apprenait que le variant dit colombien était au centre de l’attention après la mort de sept résidents vaccinés d’un centre de soins en Belgique. Au total, les 20 personnes, entièrement vaccinées, ont contracté le virus. Le variant B.1.621, baptisé Mu, fut en effet identifié pour la première fois en Colombie au mois de janvier. Dans son bulletin hebdomadaire de suivi de la pandémie daté du 31 août 2021, l’Organisation mondiale de la santé classe officiellement ce variant dans la catégorie des VOI (variants of interest). Ce variant affiche en effet une « constellation de mutations » suggérant une potentielle résistance aux anticorps développés suite à une infection ou à la vaccination.

Une nouvelle mutation (ou pourrait on dire un nouveau virus) est apparue depuis octobre 2021. Il fut nommé omicron. Très vite les journaux ont présenté cela comme la fin du monde et nous poussaient d’autant plus vers la vaccination. Des médecins de plateaux TV alarmistes disaient « les non-vaccinés ne passeront pas l’hiver ! ». 

Il s’avère que ce variant omicron a été rapidement analysé par un des plus grand virologue du monde, Bruno Canard et qu’il ne présentait pas plus de danger qu’un autre variant. Les médecins africains qui l’ont découvert la première fois ont également signalé qu’il n’était pas particulièrement dangereux, en tout cas, largement mois que le variant delta, même s’il semble se propager rapidement. Certains médecins considèrent que c’est même une opportunité de développer une immunité collective car ce variant agirait comme un vaccin à virus atténué. 

Ensuite, plusieurs autres variants ont fait leur apparition : BA2 notamment, contagieux mais peu virulent. Les variants se rembinent entre eux. Deltacron, aussi appelé variant XD est l’un d’entre eux. Il y a aussi XE aussi, recombinant de BA1 et BA2. Des variants BA4 et BA5 furent aussi détectés en Afrique du Sud et au Botswana début avril 2022. Le BA4 interpelle les scientifiques car il s’agit là d’un recombinant d’Omicron et d’Omicron. Soit un alliage des sous-variants BA1 et BA3. 

Mars 2022, l’épidémiologiste Martin Blachier rapportait les propos de Dr Raghib Ali, Cambridge : « Le haut taux de vaccination ainsi que l’arrivée d’Omicron moins virulent ont rendu la Covid moins mortelle que la grippe en Angleterre […] Le taux de létalité par Covid en Angleterre est tombé en dessous de celui de la grippe saisonnière (0,04%) ».

Au nom du principe de précaution, le Professeur Montagnier disait qu’il fallait arrêter immédiatement toutes vaccinations Covid-19 utilisant la protéine Spike (elle est utilisée dans les vaccins à ARN messager). L’étude a évidemment été critiquée les jours qui ont suivi. Il ne faut surtout pas dire du mal de la vaccination, surtout en France, au risque d’être immédiatement considéré comme un « conspirationniste » ! (de nombreux blogs évoquent même le terme d' »inquisition », comme au 15e siècle). Le professeur Montagnier a déposé une plainte au niveau international pour « crime contre l’humanité », après avoir acquis la certitude que ce virus ait été fabriqué par une ingénierie génétique.